El CD Virgili Cádiz nació en 1975 gracias a la iniciativa de Francisco González Ruiz, quien fundó el equipo inspirándose en el negocio familiar: la Panadería Virgili, situada en el centro de Cádiz.

Este vínculo llevó a que el club adoptara inicialmente el nombre de 'Panadería Virgili Fútbol Sala', compitiendo con él en sus primeras temporadas. Además, los colores amarillo y azul fueron elegidos para representar al equipo, reforzando así su conexión con la identidad local.

Durante los años 80 y 90 del siglo XX, aún cuando el deporte del fútbol sala no estaba plenamente integrado en la jerarquía FIFA, el CD Virgili Cádiz vivió su mejor etapa histórica deportiva, siendo dos veces campeón de División de Honor y logrando dos Copas de España, incluyendo la inaugural en la temporada 1982-1983 y posteriormente la de la temporada 1992-1993.

En 1994 alcanzó el subcampeonato de Europa, consolidándose como uno de los equipos destacados del momento, siendo el histórico Pabellón Fernando Portillo escenario de muchos de estos momentos memorables.

El trabajo con las categorías inferiores ha sido otra seña de identidad del CD Virgili Cádiz, destacando los campeonatos de España conseguidos por el equipo juvenil en 2004-2005 y 2011-2012, así como el título del equipo cadete en 2004-2005, reflejo de su compromiso con la formación de nuevos talentos.

En 2012, el club firmó un acuerdo con el Cádiz CF, compitiendo durante diez temporadas bajo la denominación 'Cádiz Club de Fútbol Virgili' en competiciones oficiales. A pesar de este vínculo, el CD Virgili Cádiz mantuvo siempre su independencia institucional, preservando su identidad y autonomía en la toma de decisiones y gestión interna.

El club también reforzó su apuesta por el fútbol sala femenino con la creación de un equipo en 2017, que compitió durante cuatro temporadas y alcanzó su mayor éxito al proclamarse campeón del Grupo de Cádiz de 2ª Andaluza Senior de Fútbol Sala en la temporada 2021-2022. Actualmente, el equipo femenino ya no compite, aunque el club mantiene su compromiso con la promoción y desarrollo del fútbol sala en todas sus categorías.

El CD Virgili Cádiz continúa siendo un referente del fútbol sala, manteniendo intacta su conexión con los aficionados que han acompañado al club en cada paso de su historia. En 2025, el club celebra su 50º aniversario, una efeméride que marca el inicio de una nueva etapa institucional, centrada en el fortalecimiento de su estructura y la consolidación de su legado deportivo.